使用前请充分摇匀。应用5%那他霉素治疗真菌性角膜炎的最佳开始剂量为每次1滴，每1-2小时1次，滴入结膜囊内。3-4天后改为每次1滴，每天6-8次。治疗一般要持续14-21天或者一直持续到活动性真菌性角膜炎消退。大多数病例，每隔4-7天逐渐减少药物使用剂量，对确保消除病原体的复制是非常必要的。治疗真菌性睑炎和结膜炎初始剂量可以小一些，为每次1滴，每天4-6次。