衣原体为革兰阴性病原体，是一类能通过细菌滤器、在细胞内寄生、有独特发育周期的原核细胞性微生物。过去认为是病毒，现归属细菌范畴。衣原体广泛寄生于人类、鸟类及哺乳动物。随着衣原体检测方法不断改进，在光镜下找寻细胞内包涵体来诊断衣原体感染已较少采用。而衣原体细胞培养法由于方法复杂，所需时间长不便于临床开展，故近年来多采用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体，来检测细胞涂片中的衣原体，目前主要用衣原体外膜蛋白的单克隆抗体的商品试剂。其方法为将标本涂于玻片凹孔中或圆圈中，加荧光素标记的衣原体单克隆抗体试剂覆盖凹孔，置荧光显微镜下检查。阳性标本在高倍镜下可见上皮细胞内的衣原体颗粒，为单一、针尖大小、明亮的绿色荧光，在油镜下为荧光均匀、边缘光滑的圆盘样结构，也可见网状体等其他形态的衣原体颗粒。

能引起人类疾病的有沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热肺炎衣原体。鹦鹉热衣原体可通过感染有该种衣原体的禽类，如鹦鹉、孔雀、鸡、鸭、鸽等的组织、血液和粪便，以接触和吸入的方式感染给人类。沙眼衣原体和肺炎衣原体主要在人类之间以呼吸道飞沫、母婴接触和性接触等方式传播。诊断非淋菌性尿道炎衣原体感染可以见于沙眼、成人包涵体结膜炎、男性尿道炎、女性宫颈炎和输卵管炎、性病淋巴肉芽肿等病。

阴性 。