正常情况下，阴道分泌物中有正常菌群存在，如阴道杆菌、乳酸杆菌、链球菌等。这些阴性杆菌的正常菌群在阴道内可使阴道保持酸性的环境，有利于抵御其他致病菌的入侵。且由于阴道组织解剖学特有的结构和生物学的特性，可起防御微生物侵袭的作用。但当某种原因使阴道的防御功能遭到破坏时，病原体即乘虚而入，引发阴道炎等疾病。阴道分泌物病原体检验可明确阴道炎的性质，方法可采用棉拭标本或穿刺液标本做阴道分泌物病原体检查。

正常阴道分泌物无致病性病原体。正常菌群病原体则可做菌落计数，大于一定的细菌数才有临床价值。

而病原体为致病性时则会引起阴道炎，常见的阴道炎有细菌性阴道炎、病毒性阴道炎、真菌性阴道炎和非特异性阴道炎，分别由淋病奈瑟菌、阴道加德纳菌、肠球菌、生殖道支原体、沙眼衣原体、疱疹病毒、人类细小病毒、白色念珠菌、梅毒螺旋体等感染所致。根据检验结果，判断感染性质，由金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肠球菌、厌氧菌等所致阴道炎属非传染性；由梅毒螺旋体、淋病奈瑟菌、疱疹病毒、人乳头瘤病毒、解脲脲原体、沙眼衣原体、念珠菌、滴虫等引起的属性传播性疾病，有一定的传染性。

正常阴道分泌物无致病性病原体，即致病性病原体为阴性。而如念珠菌等正常菌群病原体在做菌落计数后，大于一定的细菌数才有临床价值。

在取阴道分泌物时，器械上不涂润滑油，以免影响检查结果。