沙眼衣原体（CT）除引起世界范围流行的沙眼外，目前已是性传播和新生儿围生期母婴传播的重要疾病之一。沙眼衣原体可用微量免疫荧光试验分成15个不同的免疫亚型，不同的亚型可引起不同的临床症状群。A、B、Ba、C型引起流行性沙眼，D、E、F、G、H、I、J、K等型引起成人的眼及生殖器感染，新生儿的眼及呼吸道感染。而L1、L2、L3型则主要引起性病性淋巴肉芽肿及直肠炎。目前用于沙眼衣原体基因扩增的引物序列主要有外膜主蛋白基因、隐蔽性质粒和rRNA基因。

应用聚合酶链式反应（PCR）进行沙眼衣原体体外核酸诊断，可用无菌拭子取尿道、生殖道等分泌物，进行核酸提取、配置反应体系、核酸扩增反应。采集的样本在室温放置不超过3小时，4℃保存不超过24小时，-20℃保存不超过3个月。

检测结果阴性（实时荧光PCR定性），定量测定结果小于实验室设定的参考下限（实时荧光PCR定量）。

目前已知沙眼衣原体有15个血清型，所以选择沙眼衣原体特异性引物应为染色体基因组中的外膜蛋白序列，可用于沙眼衣原体15个血清型的基因诊断。用质粒DNA为靶基因，有症状的男性尿道拭子或尿标本，其敏感性90％。对人体尿道、生殖道分泌物中沙眼衣原体的特异性DNA核酸片段进行检测，有助于沙眼衣原体感染引起的性传播疾病的辅助诊断。