蛋白亚单位（protein subunit）也叫蛋白质亚基，是蛋白质四级结构的组成部分，由一条多肽链或以共价键连接在一起的几条多肽链组成。
蛋白亚单位在疫苗开发中有着重要的应用。蛋白亚单位疫苗的基本原理是基于已知的病毒基因序列，将病毒目标抗原基因通过DNA重组技术构建在表达载体上，再转化到细菌、酵母、哺乳动物或昆虫细胞中，诱导表达出抗原蛋白，纯化后制成疫苗。
免疫原性的优化：利用基因工程技术，除了获得克隆的病原体的保护性抗原基因，还能在体外对其进行改造修饰，增强免疫原性。
易于大规模生产：当生产工艺路线确定，可使病原体蛋白得以大量、稳定地表达后，即可规模化生产。
成分单纯，副产物少：减少或消除了常规
减毒活疫苗或
灭活疫苗难以避免的热原、变应原、免疫抑制原和其他有害的反应原。
安全性和稳定性较高：提取高度危险的病原体的免疫原性蛋白基因，转移到无致病性和无害的微生物中表达；并且重组的蛋白亚单位不能在体内复制，对宿主没有致病的风险；除了部分评价工作，生产及研发无须高等级生物安全实验室。
使用范围广：蛋白亚单位可用于无法体外培养的病原体，也可用于可能引发免疫病理作用或潜在致癌性的疫苗研究。
产生的免疫反应弱：蛋白亚单位是在体外表达纯化的病原体蛋白，难以保持稳定的蛋白构象表位，无法产生持续稳定的免疫反应。
研发难度大：为了增强疫苗的免疫原性，通常需要对比选择免疫原性较强的表位、合适的表达系统和最佳佐剂；此外，抗原蛋白的空间结构复杂，表达过程中可能还需要糖化的过程，需要寻找提高表达量的技术要点。
接种剂次较多。
蛋白亚单位主要应用于疫苗开发、临床诊断、蛋白质空间结构识别等领域。在疫苗开发方面，已上市的人用重组蛋白亚单位疫苗包括
乙肝疫苗、
流感疫苗、人乳头状瘤病毒疫苗、霍乱疫苗、
莱姆病疫苗等。
目前新型冠状病毒重组蛋白亚单位疫苗研发态势良好，截至2020年11月20日WHO发布的新冠候选疫苗研究进展，进入临床试验的新冠病毒蛋白亚单位疫苗有15种，其中由中国科学院微生物研究所、安徽智飞龙科马生物制药公司联合研发和美国Novavax公司研发的
重组蛋白疫苗已分别进入Ⅲ期临床试验。前者是我国第一个获批进入临床试验的重组蛋白新型冠状病毒疫苗，该疫苗独特选用了新型冠状病毒S蛋白受体结构域（RBD）二聚体抗原，以减少抗体依赖性增强（ADE）效应的发生。动物攻毒保护实验结果显示，该疫苗能诱导产生高水平的中和抗体，具有明显的保护作用。据报道，该疫苗可通过工程化细胞株进行工业化生产，产能高，成本低，具有较强的可及性。Novavax公司研发的NVX-CoV2373是由全长SARS-CoV-2棘突糖蛋白三聚体和Matrix-M1佐剂组成，据报道，该疫苗可在体内产生较高的抗体滴度。
此外，还有3种新型冠状病毒重组蛋白亚单位疫苗已经启动Ⅱ期临床试验，10种处于Ⅰ期临床试验阶段。
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